Depuis cette aventure estivale, le temps a passé et le nombre d'enfants possédant un Digimon partenaire a considérablement augmenté. Cependant, en raison de leur nature particulière, beaucoup d'entre eux sont menacés de persécution et d'enrôlement militaire. Alors que Taichi et Yamato s'efforcent de les secourir, ils sont attaqués par de mystérieux Digimon.
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