Un nouveau danger apparaît, Ibuki Koji et menace de détruire la Terre et Cray. Pour contrer les plans d'Ibuki, Takuto Tatsunagi met en place un tournoi le "Messiah Scramble" où se réunisse les plus puissants combattant de Vanguard du monde et le gagnant recevra la carte : Harmonics Messiah, carte capable de battre les Deletors d'Ibuki Koji.
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