10 ans se sont écoulés après la grande bataille entre Cybertron et Unicron, la planète vivante... Les Transformers, les héroïques Autobots et les belliqueux Decepticons, ont depuis fait la paix et vivent en harmonie depuis la disparition de Mégatron.
Pourtant, la découverte d'une source d'énergie fantastique et indispensable aux robots, l'énergon, risque bien de tout remettre en cause. Un nouvel ennemi redoutable entre en scène, Scorponok, qui, avec ses monstres transformables, les Terrorcons, espère bien s'emparer de l'énergon afin de ressusciter Unicron. Optimus Prime, le chef des Autobots, entre donc dans une nouvelle guerre difficile et impitoyable. Il sera aidé dans sa tâche par un groupe de jeunes courageux humains menés par Kicker, qui a très tôt développé certaines capacités à détecter l'Energon.
Le combat s'annonce rude, d'autant que Mégatron fera son grand retour et, prenant le contrôle des Terrorcons, relancera la guerre entre les Autobots et les Decepticons.
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