Menés par un empereur mégalomane qui désire conquérir la galaxie, les aliens de la planète Zaboom apportent horreur et désolation partout où ils passent. Ils affrontent actuellement les habitants de la planète Rodario dont la princesse Romina s'est soustraite à l'emprise de l'empereur. Joe Maya est un habitant de la planète Mars qui assiste un jour à la bataille entre les forces de Zaboom et Rodario.
Il s'introduit par inadvertance dans le vaisseau de la princesse Romina et va activer des mécanismes dans l'appareil délivrant un des trois mechas bestiaux. Joe, aidé de ses amis Ai et Coil, va alors piloter ces puissants mechas pour essayer de résister aux armées de l'empereur de Zaboom. L'apparition d'un mystérieux ninja, Tobikage, leur sera d'une grande aide dans cette tâche difficile.
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