L'histoire se déroule dans la ville fictive de Sugomori City. Sonosaki apprend un jour à son camarade de classe Katsuhira qu'il a été choisie pour être une Kiznaiver. Il sera désormais relié au système Kizuna qui va transmettre ses blessures aux autres Kiznaivers qui sont également des élèves de son établissement. Tous sont différents les uns des autres au niveau de leur façon de vivre et de leurs caractères.
Le système Kizuna a pour objectif final la paix dans le monde mais celui-ci est encore trop incomplet pour être mis en place. Il permettra de transmettre à tous les douleurs physiques et psychologiques des autres.
Nous suivons ainsi la nouvelle vie de Katsuhira et ses relations quotidiennes avec les autres Kiznaivers.