Dans les années 1990 quatre météorites se sont écrasées sur la ville de Tokyo, dévastant une grande partie de celle-ci. Trente années après les événements, celle-ci a été reconstruite et, plus futuriste que jamais, s'appelle désormais Megalocity. Cependant, malgré ses airs de ville où il fait bon vivre, la nouvelle Tokyo est la cible constante de créatures venues d'ailleurs appelées les Youmas. Alors que la police et les unités d'auto-défense sont impuissantes face aux attaques, un groupe de cyborgs semble pouvoir arrêter ces Youmas. On les appelle les Borgman.